Первые поселения на территории современной Молдовы относятся к эпохе палеолита. С VI в. д.н.э. её населяли фракийские племена (гето-даки), скифы, бастарны и др. В IV - V вв. н.э. эти территории подверглись нашествию гуннов. В VI - VII вв. они были заселены славянами, а в X - XII вв. последовали опустошительные набеги печенегов и половцев. В XIII - первой половине XIV вв. Молдова находилась под властью Золотой Орды.

В XIV в. Молдова попала в вассальную зависимость от Венгерского королевства, а в 1359 г. стала частью Молдавского княжества. На конец XV в. приходится правление Штефана III Великого (Штефан чел Маре), национального героя Молдовы. Штефан III провел около 40 сражений, и из большинства вышел победителем. Но, несмотря на все усилия Штефана, после его смерти ослабленное распрями Молдавское княжество было завоевано турками и включено в состав Османской империи. Турецкое иго продолжалось около 300 лет.

Новая попытка объединения молдавских княжеств была предпринята в конце XVI в., в правление валашского господаря Михая Храброго (Михай Витяз). Новое государство охватывало территорию между восточными Карпатами, рекой Днестр, Черным Морем и Дунаем, однако просуществовало оно недолго.

Поражения Турции в русско-турецких войнах XVIII - XIX вв. способствовали ослаблению зависимости Молдовы и Валахии от Турции, и со временем они получили сначала автономию внутри Османской порты, а в 1878 – полную государственную независимость.

Территория современной Республики Молдова с 1812 г. входила в состав России и называлась Бесарабией. В 1918 г. независимое Румынское королевство ее аннексировало, но Советский Союз никогда не признавал этот захват и в 1924 создал автономную Молдавскую республику в составе Советской Украины на восточном берегу Днестра. В августе 1940 г. Молдавская Советская Социалистическая Республика, объединившая Бесарабию и Молдавскую АССР, вошла в состав Советского Союза. Во время Второй Мировой Войны в течение нескольких лет территория республики была частью Румынии, но после войны она снова стала частью Советского Союза. В свою очередь, Советское правительство перекроило республику, отдав южные и северные части Украине, а Приднестровье - теперешней Молдове.

В июне 1990 была принята Декларация о суверенитете республики. В мае 1991 принято название – Республика Молдова. После распада СССР (декабрь 1991) Республика Молдова стала независимым государством, и в том же году – членом СНГ.

В 1994 г. в соответствии с новой Конституцией Приднестровью и Гагаузской республике в составе единой Молдовы была предоставлена автономия.